Tehtäviensä toteuttamiseksi Haukkalan säätiö toimii yhteistyössä Keski-Suomen kuntien ja valtion hallinnon edustajien, Jyväskylän yliopiston, järjestöjen ja muiden säätiöiden kanssa.
Keski-Suomen lapsiohjelmaa valmisteltiin osana Juha Sipilän hallituksen kärkihankeohjelmaa (2015-2018): Lasten ja perheiden palvelujen muutosohjelma (LAPE) yhteistyössä Jyväskylän kaupungin ja Keski-Suomen liiton kanssa. Päivi Fadjukoff toimi Keski-Suomen LAPEssa maakunnallisen LAPE-ryhmän puheenjohtajana.
Lea Pulkkinen puolestaan toimi tämän kärkihankkeen valtakunnallisen tieteellisen neuvoston varapuheenjohtajana ja toimitti tässä ominaisuudessa julkaisun Kohti yhteistä lapsikäsitystä, 2018.
Yhteistyö on ollut tiivistä myös Jyväskylässä toimivan Niilo Mäki säätiön kanssa. Lea Pulkkinen on toiminut sen hallintoneuvoston puheenjohtajana ja Päivi Fadjukoff hallituksen puheenjohtajana. Muita yhteistyötahoja asiantuntijavaihdon merkeissä ovat mm. ITLA, Nuorten Keski-Suomi ry. ja Suomen Unicef.
Haukkalan säätiöllä on tiivis yhteys myös Unescon toiminnan piiriin kuuluvan Suomen taide- ja kulttuurikasvatuksen observatorion kanssa. Yhteisenä tavoitteena on edistää taiteen ja kulttuurin saavutettavuutta koulussa oppituntien ohella myös korkealaatuisen harrastustoiminnan muodossa.